Tarihçe ve Genel Bilgi

Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyofizik Anabilim Dalı, Yükseköğretim Kurulu’nun 22 Ekim 1990 tarihli, 4565-20003 sayılı onayı ve 23 Kasım 1990 tarihli Fakülte Kurulu yazısıyla kurulmuştur.

Prof. Dr. Erol Başar, Prof. Dr. Murat Özgören, Prof. Dr. Adile Öniz ve Prof. Dr. Cem Şeref Bediz önceki dönemlerde anabilim dalı başkanlığı görevini yürütmüşlerdir. Prof. Dr. Çağdaş Güdücü, 2021 yılından bu yana anabilim dalı başkanlığını sürdürmektedir.

Yer ve Kapasite

Biyofizik Anabilim Dalı, Tıp Fakültesi Dekanlığı Temel Tıp Bilimleri binasının 7. katında yer almaktadır.

Anabilim Dalına bağlı olarak aşağıdaki laboratuvarlar faaliyet göstermektedir:

• Beş Duyu Laboratuvarı
• Optik Görüntüleme Laboratuvarı
• Beyin ve Egzersiz Laboratuvarı

Araştırma Görevlisi Eğitim Süreci

Anabilim Dalında tıpta uzmanlık eğitimi verilmemekte olup, Sağlık Bilimleri Enstitüsü’ne bağlı lisansüstü programlar kapsamında Biyofizik Yüksek Lisans ve Doktora programları ile eğitim faaliyetleri yürütülmektedir.

Akademik ve Bilimsel Etkinlikler

Anabilim Dalımız; nörobilim, biyofotonik, biyosensör teknolojileri, optik görüntüleme, elektrofizyoloji, egzersiz ve beyin araştırmaları başta olmak üzere farklı alanlarda ulusal ve uluslararası bilimsel çalışmalar yürütmektedir.

Seçilmiş Ulusal ve Uluslararası Bilimsel Çalışmalar:

• Uluslararası iş birliği kapsamında 16 ülkenin katılımıyla yürütülen bir çalışmada, koku algısının demografik ve coğrafi etmenlerden nasıl etkilendiği araştırılmıştır. Çalışma Q1 kategorisinde yer alan iScience dergisinde yayımlanmıştır.
• Üniversitemizin iki farklı fakültesini bir araya getiren bir çalışmada, migren alt tiplerinin beyin hemodinamik aktivitesine ait parametrelerden öznitelik çıkarımı yoluyla tanılanması incelenmiştir. Çalışma Q1 kategorisinde yer alan Journal of Biophotonics dergisinde yayımlanmıştır.
• Doktora tezinden üretilen bir çalışmada, auralı migren hastalarında bilişsel test sırasında beynin ön bölgesine gönderilen oksijen miktarının kontrol grubuna kıyasla daha düşük olduğu gösterilmiştir. Çalışma Brain Research dergisinde yayımlanmıştır.
• Ses başlangıç zamanları ve ses oluşum yerlerinin hecelerin anlaşılmasındaki rolünü inceleyen çalışma, Speech Communication dergisinde yayımlanmıştır.
• Ulusal iş birliği kapsamında farklı üniversitelerden araştırmacıların katılımıyla sporcularda kognitif performansı belirleyen etmenler incelenmiştir.
• Uluslararası iş birliği kapsamında esporcuların bilişsel yetilerinin belirlenmesinde espor antrenörlerinin bakış açılarını değerlendiren çalışmalar yürütülmüştür.
• İzometrik kasılmanın elektrofizyolojik işaretlerini değerlendiren çalışmalar gerçekleştirilmiştir.
• Ufuk Avrupa ERC Consolidator Grant kapsamında desteklenen CLARISURGE projesi çerçevesinde özgün holografik mikroskop tasarımı geliştirilmiştir.
• Akıllı telefon tabanlı biyosensörlerde optik görüntüleme, mikroakışkan çip entegrasyonu ve yapay zekâ/derin öğrenme destekli otomatik analiz yaklaşımlarını ele alan çalışmalar yürütülmüştür.
• Manyetik ve pnömatik olarak uyarılabilen polimerik mikroneedle platformları geliştirilerek plasmonik hot-spot oluşumunun kontrollü biçimde düzenlenmesine yönelik çalışmalar gerçekleştirilmiştir.
• TaO₂ tabanlı guided-mode resonance biyosensörler geliştirilerek SARS-CoV-2 antikorlarının etiketsiz ve yüksek duyarlılıkla tespitine yönelik araştırmalar yürütülmüştür.
• “G-Bot” adı verilen kompakt beş eksenli bir platform geliştirilerek otomatik sıvı transferi, canlı hücre görüntüleme ve gerçek zamanlı veri işleme tek bir sistemde birleştirilmiştir.
• Akıllı telefon tabanlı otomatik hücre analiz platformu geliştirilmiş; görüntü alma, hücre segmentasyonu, hücre sayımı ve morfolojik analiz süreçleri tek sistemde bütünleştirilmiştir.
• Solid-state thermal dewetting yöntemi kullanılarak etiketsiz biyosensör uygulamalarına yönelik ayarlanabilir plazmonik nanoanten yapıları geliştirilmiştir.
• Mid-IR bölgede plasmon-induced transparency ve perfect absorbance mekanizmalarını birleştiren hibrit plazmonik platformlar geliştirilmiştir.
• Hücre bazlı elektrokimyasal ölçümlerin fizyolojik koşullar altında gerçekleştirilmesini sağlayan inkübatör-entegre elektrokimyasal analiz platformu geliştirilmiştir.
• Nanomalzemelerin hedefli ilaç taşınımı, biyogörüntüleme, tanı, teranostik, doku mühendisliği ve rejeneratif tıp uygulamalarındaki rolünü ele alan çalışmalar gerçekleştirilmiştir.
• NiFe₂O₄ nanoparçacıkları ile zenginleştirilmiş moleküler baskılanmış polimer tabanlı elektrokimyasal biyosensör kullanılarak Candida albicans’ın hızlı ve hassas tespitine yönelik sistem geliştirilmiştir.
• Altın ince filmlerin morfolojisi ve yüzey plazmon rezonansı özelliklerine yönelik deneysel çalışmalar yürütülmüştür.
• Kriyojenik koşullarda geliştirilen Au@UiO-66-PDC tabanlı plazmonik platformların yüksek hassasiyetli biyosensör uygulamalarındaki potansiyeli araştırılmıştır.
• Sanal müze turlarında sanat eserlerinin sunumunu geliştirmek amacıyla kullanılan bilgilendirici ve tasarım özelliklerinin etkisini inceleyen disiplinler arası çalışmalar gerçekleştirilmiştir.
• Tekrarlayan dokunsal uyarım sırasında farklı uyarı aralıklarının elektrofizyolojik beyin yanıtlarının alfa bandı gücü üzerindeki etkileri araştırılmıştır.
• Alt örneklenmiş verilerden yüksek kaliteli konfokal görüntülerin yeniden oluşturulmasına yönelik üretken yapay zekâ temelli görüntü rekonstrüksiyon yöntemleri geliştirilmiştir.

Patentler:

• Doç. Dr. Arif Engin Çetin, “İnkübatör Entegreli Elektrokimyasal Analiz Platformu” başlıklı lisanslanan buluşun buluşçusudur (TR Patent 2023/019240, 2025).
• Doç. Dr. Arif Engin Çetin, “Incubator Integrated Electrochemical Analysis Platform” başlıklı kabul edilen PCT’nin buluşçusudur (WO/2025/144364, 2025).
• Doç. Dr. Arif Engin Çetin, “Otomatize, Görüntüleme Tabanlı ve Beş Eksenli Sıvı İşleyici” başlıklı lisanslanan buluşun buluşçusudur (TR Patent 2023/019281, 2025).
• Doç. Dr. Arif Engin Çetin, “Automated, Imaging-Based, Five-Axis Liquid Handler” başlıklı kabul edilen PCT’nin buluşçusudur (WO/2025/144351).
• Doç. Dr. Arif Engin Çetin, “A Portable Incubator Platform Integrated Into A Portable Imaging Device” başlıklı lisanslanan buluşun buluşçusudur (US Patent 17/639,916, 2025).

Projeler:

• Koklear İmplant Kullanan Çocuklarda Konuşma İşleme Süreçlerinin fNIRS Tabanlı Hemodinamik Yanıtlarının Analizi (TÜBİTAK 1002, 2025–2026).
• İdiyopatik Pulmoner Fibrozis Hastalarında Farklı Egzersiz Protokollerinin Serebral Hemodinamik Değişkenler Üzerine Etkilerinin Karşılaştırmalı Analizi (TÜBİTAK 3501, 2024–2026).
• Müsabık yüzücülerde su içi maksimum oksijen tüketim değerinin ölçülmesine yönelik alternatif yöntem modellemesi (TÜBİTAK 1001, 2025–2026).
• Health, socio-psychological and environmental determinants of human olfactory sensitivity – the global perspective (Polonya Bilim Akademisi, tamamlandı).
• Wingate Anaerobik Test Protokolü Isınma Yük Optimizasyonu (TÜBİTAK 1002, tamamlandı).
• CLARISURGE: Advancing Mountable Endoscopic Cap for Precision Oesophageal Mucosal Resurfacing with Non-Thermal Ablation (ERC CoG, 2025–2030).
• Hassas Foto-termal Koagülasyon Derinliği Üreten ve Konumlamaya İmkân Veren Bir Endoskop Başlığı (TÜBİTAK 1001, 2022–2025, tamamlandı).
• Kesin Ablasyon Limitleri ile Termal Olmayan Mukozal Ablasyon İçin Endoskopik Başlık (TÜSEB B Grubu, 2022–2025, tamamlandı).
• Gelişmiş Biyoalgılama Uygulamaları için Optik Tuzaklama ve Floresan Mikroskopisinin Plazmonikle Eş Zamanlı Olarak Güçlendirilmesine Yönelik Optoakışkan Platform (TÜBİTAK 2247-A, 2024–2027).
• MAESTRO – Mikro Medikal Teknolojiler Platformu (TÜBİTAK 1004, 2022–2026).
• Çip-üstü-karaciğer organoid modelinde karaciğer dokusundaki zonasyonun oluşturulması ve fonksiyonel karakterizasyonu (TÜBİTAK 1001, 2024–2027).
• Perde Baskılı Elektrot Tabanlı Elektrokimyasal Analizler için Bir Test Aparatı ve Çok-Fonksiyonlu Bir Yazılımın Geliştirilmesi (TÜBİTAK 1005, 2023–2025).

Uluslararası Öğrenci ve Akademik Hareketlilik:
Anabilim Dalımız, EMSA (European Medical Students’ Association) Dokuz Eylül kapsamında uluslararası öğrenci hareketliliğine katkı sunmaktadır. Mart 2024 tarihinde öğrenci kabulü gerçekleştirilmiş olup, önceki yıllarda da birime uluslararası öğrenciler kabul edilmiştir.

Anabilim Dalının Çalışma Konuları

Sağlıklı bireylerde başlıca çalışma alanları:

• Farklı bilişsel durumlarda beyin fonksiyonları; uyku, uyanıklık ve anestezi
• Uyarılma potansiyelleri; görsel, işitsel, dokunsal, koku ve tat
• Olay ilişkili potansiyeller ve olay ilişkili osilasyonlar
• Beyin oksijenlenmesi ve termal iletkenlik
• Elektrofizyoloji ve MR/SPECT görüntü işleme
• Beyin asimetrisi ve yanallaşması
• Öğrenme ve bellek ilişkileri
• Plastisite
• İnsan faktörü
• Egzersiz ve beyin
• Kas elektriksel aktivitesi

Hasta ve çalışma grupları:

• Şizofreni
• Parkinson hastalığı
• Obsesif Kompulsif Bozukluk (OKB)
• Dikkat Eksikliği ve Hiperaktivite Bozukluğu (DEHB)
• Görme engelli bireyler
• İşitme engelli bireyler
• Total larenjektomi uygulanmış hastalar
• Koku ve tat bozuklukları
• Skolyoz hastaları
• Migren hastaları
• Bruksizm hastaları
• Koklear implant hastaları